La ubiquitina es una pequeña proteína que aparece naturalmente en células eucariotas. Su principal función es la de marcar otras proteínas para su destrucción. Este proceso se conoce como proteólisis. Varias moléculas de ubiquitina se anclan a la proteína a eliminar y esta se mueve hacia el proteosoma, una estructura con forma de barril donde se lleva a cabo el proceso de la proteólisis.

La ubiquitina está formada por 76 aminoácidos y tiene una masa molecular de aproximadamente 8,6 kDa.

El grupo carboxilo de la glicina terminal se une al grupo tiol en una unidad de cisteina de una enzima E1 que activa la ubiquinina. Este paso requiere la hidrólisis de una molécula de ATP. El resultado es un grupo de tioester.